Jak provádíme vyhodnocení DNA

Po ukončení sekvenace, dostaneme z externí laboratoře data ve formátu FASTQ.

Formát FASTQ je textový formát používaný pro ukládání biologických sekvencí, spolu s informacemi o kvalitě těchto sekvencí, což je důležité pro následnou analýzu a interpretaci výsledků sekvenování.

FASTQ soubor obsahuje čtyři řádky pro každou sekvenci(READ):

1. Název sekvence: Začíná znakem '@' a může obsahovat různé informace o vzorku nebo experimentu.

2. Sekvence: Řetězec nukleotidů/bází (A, T, C, G) představující DNA sekvenci.

3. Znak oddělení: Další řádek, který obvykle obsahuje pouze znak '+' (může být doplněn o další informace, jako je název vzorku).

4. Skóre kvality: Řetězec, kde každý znak odpovídá kvalitě jednotlivého nukleotidu v sekvenci. Kvalita určuje, jak moci jistý je sekvenátor, že přečetl příslušnou bázi.

Open

Náš unikátní vyhodnocovací systém tyto data obdrží, vyhodnotí jejich kvalitu a provede následující kroky představující vyhodnocení

Open

1. Sestavení - jednotlivé obdržené malé fragmenty jsou sestaveny do jedné dlouhé DNA sekvence v elektronické podobě.

2. Hledání variant genu – Provádíme tzv. variant calling. To je proces, při kterém se porovnává Vaše sekvence genomu s referenční sekvencí genomu, a identifikují se místa, kde se jednotlivé sekvence liší. Tento proces pomáhá identifikovat varianty, jako jsou mutace, polymorfismy a jiné genetické změny.

3. Anotace - krok, který představuje proces, při kterém přiřazujeme informace k těmto identifikovaným variantám. To zahrnuje určení, zda jsou varianty spojeny s nějakými genetickými onemocněními, zda ovlivňují funkci genů, nebo jakou mají biologickou roli. V podstatě znamená anotace hledání vysvětlení, co jednotlivé rozdíly v sekvenci DNA znamenají. Jsme napojeni na databázi ClinVar. Tato databáze shromažďuje a sdílí informace o jednotlivých genetických variantách a jejich klinickém významu. My si z této databáze vezmeme všechny patogenní varianty (tyto varianty mají schopnost způsobit nebo přispět k rozvoji určitého onemocnění) a variantu zanotujeme příslušným způsobem závažnosti.

4. Klasifikace - následně určíme, jaký význam mají jednotlivé varianty ve Vašem případě. Význam může být:

   1. Patogenní - Tato klasifikace znamená, že varianta je považována za příčinu onemocnění na základě dostupných důkazů.

   2. Pravděpodobně patogenní - Tato kategorie zahrnuje varianty, které mají vysokou pravděpodobnost, že jsou škodlivé, ale dosud není dostatek důkazů pro jejich klasifikaci jako patogenní.

   3. Nejistý význam - Tato klasifikace znamená, že dostupné důkazy nejsou dostatečné k určení, zda je varianta spojena s onemocněním nebo ne. Může to být způsobeno nedostatkem informací o variantě, jejím vzácném výskytu, nebo nejasnostmi v tom, jak ovlivňuje funkci genu. Varianta s nejistým významem může být vyžadovat další výzkum nebo sledování, aby se lépe porozumělo jejímu dopadu na zdraví.

   4. Pravděpodobně benigní  - Varianta, která je pravděpodobně neškodná, ale pro jistotu může být zapotřebí další důkaz nebo analýza.

   5. Benigní - Tato kategorie označuje varianty, které jsou považovány za neškodné a nemají žádný vliv na zdraví nebo vývoj onemocnění. Těchto variant je většina.

5. Lékařská zpráva - Na základě nalezených informací vznikne návrh lékařské zprávy o jehož detailech se můžete dočíst ve článku „Jak se vyznat v lékařské zprávě“

6. Podstoupení lékařské zprávy lékaři k posouzení - každý návrh lékařské zprávy obsahující výsledky je předán k posouzení lékařskému genetikovi, který výsledky zkontroluje a schválí.

7. Předání lékařské zprávy klientovi - Po schválení zprávy lékařem je Vám výsledná zpráva zpřístupněna.