Poté, co odeberete vzorek, je potřeba, ho odevzdat do 48 hodin zpět do automatu nebo kurýrovi. Naše automaty jsou vybaveny unikátním systémem, který upozorní kurýry na to, že byl vzorek odevzdán a ti ho v nejbližší možné době vyzvednou.
Jakmile Vaše vzorky obdržíme, uložíme je v lednici nebo chladicím boxu o teplotě 2 – 8 °C a informujeme emailem externí laboratoř o termínu dodání vzorků do jejich pražské pobočky. Ti pak do jednoho dne potvrdí přijetí emailu o termínu dodání vzorků a po jejich převzetí zajistí transport z pražské pobočky do laboratoře v Olomouci.
Každý vzorek je označen unikátním identifikačním číslem. Mezi naší společností a externí laboratoří existuje dokument, který spáruje unikátní identifikační kód z Vašeho vzorku společně s unikátním identifikačním kódem ze společnosti IAB. Tento dokument je přiložen k zásilce se vzorky. Kromě tohoto dokumentu provází transport vzorků také přepravní doklad, který udává počet transportovaných vzorků a teplotní podmínky pro transport.
Po přijetí vzorků do laboratoře proběhne nejprve izolace DNA. Izolát DNA se následně skladuje v mrazáku o teplotě - 20°C.
Dalším krokem při testování je příprava takzvaných WGS (Whole Genome Sequencing) knihoven. To probíhá tak, že se vyizolovaná DNA rozdělí pomocí přístrojů na menší části. Na konci každé části se připojí koncovka značená ddG, ddA, ddT nebo ddC, kde značka “dd” značí speciálně upravenou molekulu, která zabrání tomu, aby se připojilo další „písmeno“ v řetězu DNA (viz. obrázek 1). Jinými slovy, když se v procesu sekvenace dostaneme k oné speciální molekule značené např. ddG, stavba DNA řetězce se v tomto místě zastaví.
Proč se ale DNA rozděluje na menší části?
Prvním důvodem je, že mnoho sekvenačních přístrojů je nastaveno pro analýzu kratších úseků a při čtení delších úseků DNA by mohlo dojít k chybě a nepřesnostem. Když se DNA rozdělí na menší části, tak se zvyšuje pravděpodobnost, že bude každá část správně přečtena a také se snadněji detekují a opravují případné chyby.
Dalším důvodem rozdělování DNA na menší části je možnost sekvenovat větší část fragmentů současně, což zrychluje celý proces a zvyšuje množství získaných dat. Celkově tedy rozdělení DNA na menší části zlepšuje efektivitu, přesnost a rychlost sekvenace, což je důležité pro následnou analýzu dat.
Poté, co jsou připravené WGS knihovny, proběhne ještě tzv. pre-sekvenace vzorků DNA, které byly dodány ze slin. Vzorky slin totiž obvykle obsahují nejen DNA, ale také různé kontaminanty, jako jsou proteiny, bakterie a další biologické materiály. Pre-sekvenace pomáhá extrahovat čistou DNA a zbavit se těchto nečistot, což zlepšuje kvalitu sekvenčních dat. Jinými slovy, pre-sekvenace je proces, který se používá k přípravě kvalitních vzorků DNA před samotnou sekvenací. U vzorků z krve pre-sekvenace není potřeba, protože krev obsahuje vyšší koncentraci a kvalitu DNA než sliny.
Následným krokem už je samotná sekvenace DNA pomocí přístroje NovaSeq X Plus. Naším cílem je během sekvenace získat a analyzovat 800 milionů párů DNA fragmentů z krve a 925 milionů fragmentů ze slin, včetně 15% bakteriální kontaminace. Párové čtení se dělá tak, že se sekvenují dva fragmenty DNA z obou konců. To znamená, že pro každý fragment DNA jsou získána dvě sekvenční data, jedno z každého konce. Tato metoda zlepšuje přesnost a usnadňuje rekonstrukci genomu. Cíl 800 M párových čtení znamená, že se snažíme získat celkem 800 milionů těchto dvojic. Vysoký počet párových čtení je důležitý pro dosažení kvalitního pokrytí celého genomu. To znamená, že každá část genomu je sekvenována vícekrát, což snižuje pravděpodobnost chyb a zvyšuje přesnost analýzy.
Poté, co dojde k dokončení sekvenace v laboratoři, dostaneme do 3 dnů informaci, že máme data k dispozici na speciálním zabezpečeném úložišti, kde je stáhneme a předáme naší lékařce k analýze.