...
Jakmile Vaše vzorky obdržíme, začneme s jejich skladováním v lednicích nebo chladicích boxech o teplotě 2 – 8 °C. Náš systém automaticky informuje externí laboratoř o dostupnosti vašeho vzorku. Externí laboratoři, která pro naše zařízení provádí izolaci DNA a její sekvenaci předáváme pouze vzorek a číslo vzorku. Po nashromáždění dostatečného množství vzorků laboratoř zajistí transport z naší pražské pobočky do externí české laboratoře.
...
Každý vzorek je označen unikátním identifikačním číslem. Protože externí laboratoře používají své interní čísla vzorků existuje mezi naší společností a externí laboratoří předávací párovací dokument, který páruje unikátní identifikační kód z Vašeho vzorku společně s unikátním identifikačním kódem externí laboratoře. Předávací párovací dokument je přiložen k zásilce se vzorky. Kromě tohoto dokumentu provází transport vzorků také přepravní doklad, který udává počet transportovaných vzorků a teplotní podmínky pro transport.
...
Dalším krokem po izolaci je příprava takzvaných WGS (Whole Genome Sequencing) knihoven. Ta probíhá v metodě Illumina DNA PCR-Free Library Prep-Tagmentation tak, že se vyizolovaná DNA štěpí enzymaticky pomocí transpozázy. Tato enzymatická fragmentace probíhá současně s připojením adaptérů. To znamená, že během jednoho kroku dojde k rozštěpení DNA na menší fragmenty a k připojení adaptérů na jejich konce. Tento proces se nazývá tagmentace.
Adaptér je krátká syntetická sekvence DNA, která se připojuje ke koncům fragmentované DNA. Slouží k tomu, aby fragmenty DNA mohly být správně amplifikovány, přichycené k flow cell (sekvenačnímu čipu) a přečteny během sekvenace.
Funkce adaptérů v sekvenační knihovně:
Přichycení k flow cell – Adaptéry obsahují specifické sekvence, které se vážou k povrchu sekvenačního čipu (flow cell) během sekvenace na platformách Illumina.
Amplifikace – Obsahují primovací sekvence, které umožňují PCR amplifikaci knihovny v případě PCR-based protokolů (v případě PCR-free knihoven k amplifikaci nedochází).
Indexování (barcoding) – Často obsahují unikátní sekvence tzv. indexy (krátké unikátní sekvence DNA, např. 8–12 bází dlouhé), které umožňují přiřadit fragmenty DNA k určitému vzorku při multiplexním sekvenování (kdy se více vzorků sekvenuje najednou, což snižuje čas a náklady na analýzu). Sekvenování probíhá standardně, ale software zároveň čte i indexové sekvence. Po sekvenaci se softwarem provede „demultiplexing“, což znamená rozdělení přečtených dat zpět na jednotlivé vzorky podle jejich indexů.
Proč se ale DNA rozděluje na menší části?
...