Content Comparison

Po ukončení sekvenace, dostaneme z externí laboratoře data ve formátu FASTQ.

...

My tento formát vezmeme a zahájíme analýzu dat. Ta spočívá v několika krocích:

1. Hledání variant genu – jsme napojeni na databázi ClinVar. Tato databáze shromažďuje a sdílí informace o jednotlivých genetických variantách a jejich klinickém významu. My si z této databáze vezmeme všechny patogenní varianty (tyto varianty mají schopnost způsobit nebo přispět k rozvoji určitého onemocnění) a provádíme tzv. variant calling. To je proces, při kterém se porovnává Vaše sekvence genomu s referenční sekvencí genomu, a identifikují se místa, kde se jednotlivé sekvence liší. Tento proces pomáhá identifikovat varianty, jako jsou mutace, polymorfismy a jiné genetické změny.

2. Anotace - druhý krok, který představuje proces, při kterém přiřazujeme informace k těmto identifikovaným variantám. To zahrnuje určení, zda jsou varianty spojeny s nějakými genetickými onemocněními, zda ovlivňují funkci genů, nebo jakou mají biologickou roli. V podstatě znamená anotace hledání vysvětlení, co jednotlivé rozdíly v sekvenci DNA znamenají.

3. Klasifikace - následně určíme, jaký význam mají jednotlivé varianty ve Vašem případě. Význam může být:

   1. Patogenní - Tato klasifikace znamená, že varianta je považována za příčinu onemocnění na základě dostupných důkazů.

   2. Pravděpodobně patogenní- Tato kategorie zahrnuje varianty, které mají vysokou pravděpodobnost, že jsou škodlivé, ale dosud není dostatek důkazů pro jejich klasifikaci jako patogenní.

   3. Nejistý význam - Tato klasifikace znamená, že dostupné důkazy nejsou dostatečné k určení, zda je varianta spojena s onemocněním nebo ne. Může to být způsobeno nedostatkem informací o variantě, jejím vzácném výskytu, nebo nejasnostmi v tom, jak ovlivňuje funkci genu. Varianta s nejistým významem může být vyžadovat další výzkum nebo sledování, aby se lépe porozumělo jejímu dopadu na zdraví.

   4. Pravděpodobně benigní  - Varianta, která je pravděpodobně neškodná, ale pro jistotu může být zapotřebí další důkaz nebo analýza.

   5. Benigní - Tato kategorie označuje varianty, které jsou považovány za neškodné a nemají žádný vliv na zdraví nebo vývoj onemocnění.

4. Report - Na základě nalezených informací vznikne report o jehož detailech se můžete dočíst ve článku „Jak se vyznat v reportu výsledků“

5. Předání reportu lékaři - report výsledků předáme lékařskému genetikovi, který výsledky zkontroluje a schválí.

6. Předání reportu klientovi - Po schválení lékařem pak report putuje k Vám.

...

...